中小企業向け勤怠管理システムおすすめ比較7選｜無料・料金・選び方

こんにちは、SkillStack Lab運営者のスタックです。

勤怠管理システムを比較していて、「無料で使える製品で足りるのか」「10人や30人で利用すると月額はいくらか」「シフト勤務や直行直帰に合う製品はどれか」と迷っていませんか。

結論から言うと、勤務形態が単純で、毎月の集計や修正に困っていなければ、Excelや無料ツールを継続できる場合があります。

一方、打刻漏れの確認、残業・休暇申請、シフト変更、給与ソフトへの転記が増えているなら、クラウド勤怠管理システムへ移行した方が管理しやすくなります。

勤怠管理システムは、料金が安い製品や機能数が多い製品を選べばよいわけではありません。

自社の従業員数、勤務形態、申請ルール、給与計算までの流れに合うかを確認することが重要です。

この記事では、地方中小企業の管理部門長・元社内SEの視点から、中小企業が比較しやすい勤怠管理システム7製品を、料金、無料利用、機能、打刻方法、向いている企業で比較します。

この記事にはアフィリエイトリンクが含まれます。ただし、Excelや無料プランを継続できるケース、Relix勤怠以外の製品が適するケースも含めて比較します。

料金、無料プラン、無料トライアル、提供機能、契約条件は変更される可能性があります。本記事は2026年7月21日時点の公開情報をもとに作成しています。契約前に各社の公式サイトや見積書で最新情報を確認してください。

＼ 7製品の比較結果を確認する ／

勤怠管理システムを選ぶ前の判断基準

勤怠管理システムを選ぶときは、製品名や料金から比較を始めるのではなく、現在の業務を整理します。

特に重要なのは、従業員数よりも勤務形態と例外処理の数です。

同じ10名の会社でも、全員が固定時間で勤務する会社と、シフト・夜勤・直行直帰・在宅勤務が混在する会社では、管理の難しさが異なります。

Excelや無料ツールを続けてもよいケース

次の条件がそろっている場合は、急いで有料システムへ移行する必要はありません。

• 勤務時間や休憩時間がほぼ統一されている
• 打刻修正、残業、休日出勤などの例外が少ない
• 毎月の勤怠締めが短時間で終わっている
• 給与ソフトへの転記ミスがほとんどない
• 担当者が休んでも別の人が処理できる

ただし、Excelの利用料が追加で発生しなくても、ファイル回収、打刻漏れの確認、数式修正、給与ソフトへの転記には人件費がかかります。

Excel勤怠を続けてよい条件と移行のタイミングは、勤怠管理をExcelで続ける限界と移行手順で詳しく解説しています。

クラウド勤怠へ移行したいサイン

• 月末に打刻漏れや未申請を目視で探している
• 残業・休暇・休日出勤を紙やチャットで申請している
• 勤怠データを給与ソフトへ手入力している
• 有給休暇の残数が担当者しか分からない
• シフト変更が口頭や個別メッセージで行われている
• 担当者の不在時に勤怠を締められない
• 複数拠点や在宅勤務者の状況を確認しにくい

厚生労働省のガイドラインでは、使用者が労働日ごとの始業・終業時刻を確認し、適正に記録することが示されています。

原則として、使用者による現認またはタイムカード、ICカード、パソコンの使用時間などの客観的な記録を基礎として確認します。

労働時間把握に関する公式情報はこちらです

勤怠管理システムは労働時間の把握を補助できますが、導入しただけで法令対応が完了するわけではありません。

勤務区分、残業、休暇、休日の設定が自社の就業規則と一致しているか、必要に応じて社会保険労務士などへ確認してください。

中小企業向け勤怠管理システム7製品を比較

中小企業が比較しやすい7製品を、料金、無料利用、向いている企業で整理します。

料金が安い製品を選ぶのではなく、必要な機能を含めた総額と、給与計算までに残る作業を確認してください。

表示料金は税抜の目安です。HRMOS勤怠の有給休暇管理・届出申請などの有料機能には最低利用料金が設定されています。ジョブカンは利用する機能数、マネーフォワードは基本プランと利用人数、ジンジャーは契約製品や初期費用によって総額が変わります。

従業員10名・30名の料金目安

公開料金から単純計算した月額費用の目安です。

有料オプション、端末、導入支援、年払いによる条件差は含めていません。

HRMOS勤怠は30名以下の基本機能を無料で利用できますが、有給休暇管理、届出申請、問い合わせサポートなどが必要な場合は有料プランを確認してください。

マネーフォワードは勤怠だけの料金ではなく、会計、給与、経費などを含むバックオフィス向け基本プランです。

すでに同シリーズを利用している会社と、勤怠だけを導入したい会社では、費用対効果が異なります。

おすすめ勤怠管理システム7選

Relix勤怠｜現場勤務・交通費・日報をまとめたい企業

Relix勤怠は、スマートフォンを利用する現場勤務や直行直帰が多い会社に向いています。

公開料金は、10アカウント月額3,000円、30アカウント月額8,500円、50アカウント月額13,750円、100アカウント月額25,000円です。

料金は一例とされており、必要なアカウント数について相談できます。

出退勤だけでなく、シフト、休暇、GPS、交通費申請、日報報告などを一つの仕組みで扱える点が特徴です。

• 営業、派遣、イベント、複数現場など直行直帰が多い
• 勤怠と交通費申請をまとめたい
• 日報や現場報告も同じ画面で管理したい
• 月末締めまで時間をかけて試したい

登録月と翌月は無料で利用でき、支払方法を設定しない場合はトライアル終了後に自動解約されると案内されています。

一方、解約後はそれまでのデータが削除されるため、必要なデータを事前に出力できるか確認してください。

料金表と契約条件の詳細はこちらです

実際の従業員、勤務場所、締め日で利用できるかを確認する場合は、登録月と翌月の無料期間を使って試しましょう。

＼ 自社の勤務ルールで使えるか確認 ／

HRMOS勤怠｜30名以下で基本機能を無料利用したい企業

HRMOS勤怠は、登録人数が30名以下の場合、勤怠管理の基本機能を無料で利用できます。

31名以上では1人月額100円からとなり、最低利用人数はありません。

PC、スマートフォン、ICカード、QRコード、ビジネスチャットなど、複数の打刻方法を利用できます。

• 30名以下でクラウド勤怠を無料から始めたい
• 基本的な出退勤・集計をクラウド化したい
• 管理担当者が設定を自分で調べられる

有給休暇管理や届出申請を利用する場合は有料プランが必要です。

有料プランでは、利用人数や機能にかかわらず、月額プラン3,000円、年額プラン33,000円の最低利用料金が案内されています。

無料範囲と有料機能を確認できます

個人向け無料アプリと会社向けクラウド勤怠の違いは、無料勤怠管理アプリの注意点と選び方でも整理しています。

KING OF TIME｜複雑な勤務形態と複数拠点へ対応したい企業

KING OF TIMEは、固定の基本料金がなく、利用した人数1人につき月額300円です。

PC、スマートフォン、ICカード、生体認証など打刻方法が多く、シフト、フレックス、変形労働時間制、複数拠点などへ対応しやすい点が特徴です。

• 雇用区分や勤務形態が複数ある
• 本社、店舗、工場など複数拠点で利用する
• 勤怠・人事・給与を同じシリーズで管理したい
• 無料体験中からサポートを利用したい

30日間の無料体験が用意されています。

ICカードリーダーや生体認証端末を利用する場合は、機器の購入費用も含めて比較してください。

1人あたりの料金と機器費用を確認できます

ジョブカン勤怠管理｜必要な機能だけ選びたい企業

ジョブカン勤怠管理は、出勤管理、シフト管理、休暇・申請管理、工数管理から、必要な機能を組み合わせて契約できます。

1機能では1人月額200円、利用機能数に応じて最大1人月額500円です。

ただし、月額最低利用料金が2,000円に設定されています。

• 最初は出退勤だけ導入し、後から機能を増やしたい
• 飲食、小売、介護などシフト勤務が多い
• シフト、休暇、工数の必要性が部署ごとに異なる

30日間の無料体験があるため、最終的に利用する機能をすべて有効にした状態で料金と操作性を確認してください。

利用する機能数ごとの料金を確認できます

freee勤怠管理｜freeeで給与計算までつなげたい企業

freee勤怠管理は、勤怠管理のみを利用するプランが1人月額300円、給与計算や入退社手続きまで含むスタンダードプランが1人月額800円です。

PC、スマートフォン、ICカード、GPS、チャットなどの打刻方法に対応しています。

• freee人事労務やfreee会計を利用している
• 勤怠データを給与計算へつなげたい
• 希望シフトの回収や勤怠アラートも利用したい

勤怠だけで利用するのか、給与計算や労務手続きまで同じシリーズへ移すのかで、契約するプランが変わります。

勤怠のみ・給与込みの料金を比較できます

マネーフォワード クラウド勤怠｜会計・給与もまとめたい企業

マネーフォワード クラウド勤怠は、勤怠単体の料金ではなく、会計、給与、経費などを含むバックオフィス向け基本プランに含まれます。

年払いの月額換算は、3名以下向けのスモールビジネスプランが4,480円、4名以上向けのビジネスプランが6,480円です。

ビジネスプランでは給与・勤怠を5名まで利用でき、6名目から1人月額300円が加算されます。

• マネーフォワード クラウド会計や給与を利用している
• 勤怠だけでなくバックオフィス全体を見直したい
• 従業員情報や給与データの二重入力を減らしたい

1か月無料のトライアルがあり、クレジットカード登録なしで試せます。トライアル終了後に自動で有料プランへ移行しないと案内されています。

基本プランと従量料金を確認できます

ジンジャー勤怠｜人事情報を一元管理したい企業

ジンジャー勤怠は、1人月額300円からと案内されています。

勤怠、人事労務、給与計算などを一つの人事データベースで管理できる点が特徴です。

• 勤怠と人事・給与を段階的に統合したい
• 複数拠点や雇用区分を一元管理したい
• 担当者のサポートを受けながら設定したい

1か月無料トライアルが案内されています。

実際の料金は利用製品、人数、初期費用、支援内容によって変わるため、勤怠だけの場合と給与・人事まで含めた場合の両方で見積もりを取りましょう。

利用製品ごとの料金体系を確認できます

勤務形態別のおすすめ

シフト勤務では打刻よりシフト作成を確認

飲食、小売、介護、医療などでは、打刻だけでなく、希望シフトの回収、確定シフトの共有、変更履歴、応援勤務まで確認します。

シフトを紙やLINEで集め、管理者がExcelへ転記する状態では、打刻だけをクラウド化しても管理負担が残ります。

LINEで勤怠やシフトを報告する問題点は、LINE勤怠管理のリスクとクラウド移行方法で解説しています。

直行直帰ではGPSの運用ルールも決める

スマートフォンとGPSを使う場合は、取得するタイミング、利用目的、保存期間、閲覧できる管理者を決めてください。

位置情報は便利ですが、説明が不十分だと、勤務時間外も監視されるのではないかという不安につながります。

原則となる打刻方法と、GPSを利用するケースを社内規程やマニュアルに明記しましょう。

給与連携は項目単位で確認する

「給与ソフトと連携できる」という説明だけでは不十分です。

所定内労働、法定内残業、法定外残業、深夜、休日、欠勤、遅刻早退など、自社が給与計算へ渡す項目を確認してください。

直接連携できない場合でも、自社の給与ソフトへ取り込める形式でCSVを出力できれば、転記を減らせる場合があります。

無料プランと無料トライアルの違い

勤怠管理システムの「無料」には、主に3種類あります。

無料プランで出退勤だけ管理できても、有給休暇や残業申請を紙で続けるなら、業務が二つに分かれます。

無料かどうかではなく、現在の手作業をどこまで減らせるかを基準にしてください。

無料トライアルで確認するチェックリスト

管理画面を見るだけでは、自社に合うか判断できません。

実際の勤務区分と匿名化したデータを使い、次の操作を確認してください。

• 従業員をCSVで一括登録できるか
• 従業員が説明なしで出勤・退勤を打刻できるか
• 打刻漏れや重複打刻を確認しやすいか
• 残業、休暇、打刻修正を申請・承認できるか
• 承認者が休んだ場合に代理承認できるか
• 深夜、休日、欠勤、遅刻早退を正しく集計できるか
• 給与ソフトへ必要な項目を出力できるか
• 退職者や過去データを出力・保管できるか
• 問い合わせサポートの回答が分かりやすいか
• 無料期間終了後の料金と解約条件を確認したか

勤怠管理システムを導入する5ステップ

1. 現在の業務を整理する
   打刻方法、申請、承認、集計、給与連携、担当者を一覧にします。
2. 候補を2～3製品へ絞る
   勤務形態、必要機能、利用人数、予算を満たす製品に限定します。
3. 実際の勤務ルールで試す
   通常勤務だけでなく、残業、休日出勤、休暇、打刻漏れも登録します。
4. 旧運用と1回の締め処理を比較する
   Excelやタイムカードとの集計結果を確認し、設定の違いを修正します。
5. 切り替え日と旧データの保管方法を決める
   旧Excelへの入力を停止し、必要な過去データを閲覧専用で保存します。

並行運用は、設定を確認するための期間に限定してください。

長期間にわたって二つの仕組みへ入力すると、従業員と管理担当者の負担が増えます。

勤怠管理システムに関するよくある質問

中小企業でも勤怠管理システムは必要ですか？

従業員が少なく、勤務形態が単純で、毎月の集計に困っていなければ、Excelや無料ツールで対応できる場合があります。

人数が少なくても、シフト、夜勤、直行直帰、残業申請、給与転記などの例外処理が多い場合は、クラウド勤怠を検討する価値があります。

無料の勤怠管理システムだけで運用できますか？

基本的な出退勤と集計だけなら運用できる場合があります。

休暇、申請承認、給与連携、サポート、データ保存が無料範囲に含まれるかを確認してください。

勤怠管理システムの費用相場はいくらですか？

今回比較した人数課金型の製品では、1人月額100～500円程度が公開料金の目安です。

ただし、最低利用料金、基本料金、初期費用、端末、追加機能、導入支援によって実際の費用は変わります。

給与ソフトと同じ会社の製品を選ぶべきですか？

必ず同じ会社にする必要はありません。

ただし、従業員情報や勤怠データを直接連携できれば、二重入力やCSV加工を減らしやすくなります。

別会社の製品を選ぶ場合は、給与計算に必要な項目をCSVやAPIで受け渡せるか確認してください。

システムを導入すれば給与計算ミスはなくなりますか？

必ずなくなるわけではありません。

勤務区分、残業、休憩、休日、休暇の設定が誤っていれば、システムでも正しい結果になりません。

本番利用前に旧集計と結果を比較し、必要に応じて人事労務担当者や社会保険労務士へ確認してください。

まとめ｜料金より勤務形態と給与連携で選ぶ

中小企業向けの勤怠管理システムは、利用人数だけで決められません。

勤務形態、例外処理、申請承認、給与計算までの流れに合う製品を選ぶことが重要です。

• 30名以下で基本機能を無料利用：HRMOS勤怠
• 現場勤務・交通費・日報：Relix勤怠
• 複雑な勤務形態・複数拠点：KING OF TIME
• 必要な機能を選択：ジョブカン勤怠管理
• 給与・人事まで統合：freee、マネーフォワード、ジンジャー

Excelで問題なく運用できているなら、無理に有料システムへ移行する必要はありません。

一方、打刻漏れの確認、給与ソフトへの転記、シフト変更、有給休暇の残数管理に時間がかかっているなら、現在の人件費とクラウド勤怠の料金を比較しましょう。

Relix勤怠は、スマートフォンを使う現場勤務や直行直帰が多く、交通費申請や日報までまとめたい中小企業が比較しやすい製品です。

登録月と翌月の無料期間を使い、打刻から月末締め、給与データ出力まで自社の勤務ルールで確認してください。

＼ 月末締めまで自社で使えるか確認 ／

無料期間、料金、機能、契約条件は変更される可能性があります。最新情報は遷移先の公式画面で確認してください。